Η διαφορά έγκειται στο γεγονός ότι οι γυναίκες προ της εμμηνόπαυσης εκκρίνουν γυναικείες ορμόνες, τα οιστρογόνα, που βοηθούν στην προστασία των αγγείων. Γνωρίζουμε ότι οι γυναίκες στην αναπαραγωγική ηλικία (συνήθως κάτω των 50 ετών) έχουν πολύ χαμηλότερο κίνδυνο να παρουσιάσουν καρδιοπάθεια σε σχέση με τους άνδρες αντίστοιχης ηλικίας. Η προστασία αυτή των γυναικών οφείλεται στις ειδικές ορμόνες που εκκρίνει ο οργανισμός τους (τα οιστρογόνα) που ελαττώνονται  σημαντικά κατά την εμμηνόπαυση. Η προστατευτική αυτή δράση των οιστρογόνων χάνεται κατά την εγκατάσταση της εμμηνόπαυσης, με αποτέλεσμα ο κίνδυνος να εξισώνεται σύντομα με αυτόν των ανδρών.

Με την εμμηνόπαυση έχουμε δραματική πτώση των επιπέδων των οιστρογόνων. Η διαφοροποίηση αυτή έχει επιπτώσεις στον οργανισμό της γυναίκας, όπως:

• Στο μεταβολισμό των λιπιδίων (αυξάνεται η τιμή της ολικής και της LDL -κακής- χοληστερόλης και μειώνεται η τιμή της HDL -καλής- χοληστερόλης).
• Στη διαχείριση του ύδατος (αυξάνεται η κατακράτηση υγρών και επομένως η αρτηριακή πίεση).
• Στην κατανομή του λίπους (αυξάνεται το συνολικό λίπος και κυρίως η κεντρικού τύπου κατανομή του, δηλαδή στην περιοχή της κοιλιάς, που είναι και πιο δύσκολη από άποψη πρόγνωσης).
• Στο μεταβολισμό των υδατανθράκων (διαταράσσεται ο μεταβολισμός τους, με αποτέλεσμα να παρατηρείται αυξημένη αντίσταση στην ινσουλίνη, κακή ανοχή στη γλυκόζη, δηλαδή συνθήκες που προδιαθέτουν για την εμφάνιση σακχαρώδους διαβήτη ή αυτού που λέγεται μεταβολικό σύνδρομο).
• Στο αίμα (αυξημένη πηκτικότητα του αίματος, με αυξημένο κίνδυνο εμβολών).
• Παρόλο που η στεφανιαία νόσος παραδοσιακά θεωρείται νόσημα των ανδρών, είναι υπεύθυνη για πάνω από 250.000 θανάτους ετησίως και αποτελεί την κύρια αιτία θανάτου στις ενήλικες γυναίκες. Στην Ελλάδα σύμφωνα με πρόσφατη μελέτη (Attica) οι καρδιαγγειακές παθήσεις είναι πλέον η κύρια αιτία θανάτου στις γυναίκες μετά την εμμηνόπαυση και ευθύνονται για το 55% του συνόλου των θανάτων από έμφραγμα ή αγγειακό εγκεφαλικό επεισόδιο. Η στεφανιαία νόσος  στις γυναίκες με φυσιολογική εμμηνόπαυση εμφανίζεται κατά μέσο όρο 10 χρόνια αργότερα από τους άνδρες, ενώ οι γυναίκες με πρώιμη εμμηνόπαυση ή αμφοτερόπλευρη ωοθηκεκτομή αναπτύσσουν στεφανιαία νόσο σε μικρότερη ηλικία.
• Λόγω των ιδιαιτεροτήτων που προαναφέρθηκαν, τα τελευταία χρόνια στο εξωτερικό αλλά και στην Ελλάδα οργανώνονται καρδιολογικά ιατρεία εστιασμένα στις γυναίκες οποιασδήποτε ηλικίας με σκοπό την πρόληψη και την έγκαιρη θεραπεία των καρδιοπαθειών που είναι και η πρώτη αιτία θανάτου στις γυναίκες.Στα ιατρεία αυτά γίνεται  μια ετήσια παρακολούθηση, φυσική εξέταση και συζήτηση, για την υγεία των γυναικών που μπορεί να εντοπίσει σοβαρές καρδιοπάθειες πριν γίνουν απειλητικές για τη ζωή. Η επίσκεψη αυτή θα προσαρμοστεί με την ηλικία, το οικογενειακό ιστορικό, το ιατρικό ιστορικό, και τους παράγοντες κινδύνου για καρδιαγγειακά νοσήματα. Μπορεί να χρειαστούν περισσότερες από μία επίσκεψη για ολοκληρωθεί ο αρχικός έλεγχος.
  

  Δεδομένου ότι οι καρδιακές παθήσεις είναι η νούμερο 1 αιτία θανάτου των γυναικών, και σκοτώνει περισσότερες γυναίκες από όλες τις μορφές καρκίνου σε συνδυασμό, το ιατρείο γυναικείας καρδιάς  έχει μια ιδιαίτερη σημασία στην ανίχνευση της καρδιακής νόσου στα πρώιμα στάδια της. Η Αμερικάνικη Καρδιολογική Εταιρία (American Heart Association) εκτιμά ότι το 80% όλων των καρδιαγγειακών παθήσεων μπορούν να προληφθούν, και είναι πάντα καλύτερο να προλαμβάνουμε παρά να θεραπεύουμε.